形成两大支点──以物理所为核心，结合低温实验中心相关部分，形成凝聚态物理研究中心；以化学所为核心，结合感光所有关部分，形成以分子科学为主要方向的又一支点。

    由计算所、软件所等七个研究所及联想集团等高技 术企业组成。

    以材料科技、信息科技、红外与激光科技、空间技术等为主攻方向，以前沿创新和高技术产业化为目标，强化与上海市在科学研究和产业化方面的紧密合作。

    以地质所与地球物理所为中心组建，形成固体地球科学领域的一流研究中心。

    是基础理论类型的开放研究所，主要从事探索物质基本结构、基本运动规律和有关交叉学科的研究。

    是一流的国家级研究所。知识创新试点于1998年11月25日正式启动。先后有10名科学家当选为中国科学院、中国工程院院士，建立了国家开放实验室、国家工程中心等共8个国家级研究开发单元。

    1984年中国科学院南京地质古生物研究所首次在方南澄江帽天山发现了第一批保存极好的软体节肢动物化石之后，他们对澄江生物群开始了一系列卓有成效的发掘与研究。发现了保存软体组织的完整化石标本30000余块。发现了多细胞动物化石近100多种。这一发现不仅为“寒武纪大爆发”这一非线性突发性演变提供了科学事实，同时也是对达尔文渐变式进化理论的挑战。目前南京地质古生物研究所已成为12个创新基地之一。

    中科院兰州冰川冻土所、兰州沙漠所和兰州高原大气物理所三所强强联合，整合成立中科院寒区旱区环境与工程研究所；在水保所建立国家水土保持科学研究中心；在西北植物所与陕西省共建遗传工程育种省重点实验室。

    首先启动以沈阳自动化所为核心、有沈阳计算所参加的东北先进制造技术机器人和数控技术研究发展基地，实现沈阳自动化所和沈阳计算所的改革调整与整合。